我县动物防疫工作主要有以下几种难题：

    1、防疫经费难。资金是推动动物防疫工作顺利开展的主要因素。县财政局每年给我县畜牧兽医主管单位预算拨付的防疫经费还是按90年代4万元的标准，按90年代末的1999年全县生猪饲养量45.8万元,而今就按2008年生猪饲养量113.7万头,计算,已成倍增长 。村级防疫员的报酬过低，激发不了防疫员工作积极性,个别乡镇还拖欠防疫员的工资，使防疫员的抵触情绪很大，致使防疫密度和防疫质量大打折扣。

    2、村组动物防疫员素质提升困难。村级防疫员业务素质是确保防疫质量的基础、近年来，全县各乡镇对动物防疫员队伍改革中也不断在调整，但仍然没有摆脱“队伍老龄化”的趋势，导致防疫员队伍素质下降的原因主要有以下几个方面：一是乡村兽医是目前村级防疫员队伍的主体，但兽医体制改革后，部分素质较高的兽医通过招考走上了乡镇兽医站防疫检疫督导员岗位，不直接从事防疫工作，还有一部分青壮年兽医改行从事其它产业或外出务工，真正从事动物防疫工作的只剩“老、弱、病、残”。二是技术培训工作滞后，通过几次兽医体制改革后绝大多数乡村兽医与畜牧主管部门脱离了人事关系，受管理体制和资金等多方面的限制，对他们的培训和再教育工作也力不从心，每年只是在春秋防疫时，乡镇兽医站把各村防疫员召集一起进行短暂培训,使村防疫员业务技术水平得不到有效的提升,一大批村级防疫员缺乏疫苗使用,注射操作和应急处理等基础常识,免疫质量难以保证。

    3、动物防疫监管难，一是抗体监测存在“育点”。由于监测经费等多种条件限制，流行病学调查和抗体监测均处在开始起蒙阶段，只有对春秋两季防疫进行例行监测，监测的种类不多，覆盖面也不大,对防疫工作难以起到有效指导作用。二是防疫检查手段落后,长期以来,防疫督导检查因经费的限制,动物防疫检查已经形成惯例没有检查方法,各乡镇应付防疫检查的方法多种多样,弄虚作假,没有起到有效的监督作用。

    当前，要着重解决督导检查的方式，管理要严，基层站结构要优，各种政策落实要到位等问题，充分调动，激发防疫员的主观能动性,逐步形成业务技术过硬,求真务实 ,高效的工作作风和工作机制。